En 2003, con figuras como Hugo Droguett y Cristián Canío, el equipo fue parte del grupo D del Torneo de Apertura, pero terminó cuarto, con 18 puntos, y no pudo clasificar a play offs. Al año siguiente, con Carlos González como entrenador, Deportes Temuco logró llegar a play offs, junto a Universidad de Chile, como «mejor perdedor» en el Torneo de Apertura 2004. Sin embargo, luego de empatar 1-1 en el partido de ida con Cobreloa, equipacion de brasil el club cayó 1-3 en el de vuelta y quedó fuera de la competencia.
